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[position-annotation] peaks distribution

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发表于 2016-12-19 16:10:12 | 显示全部楼层 |阅读模式
请问一下对做peaks的转录组区域分布有什么现成的工具可以使用的么。分为UTR CDS TSS STOPCODON 这些区域的。
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发表于 2016-12-19 18:53:56 | 显示全部楼层
在R里面很简单!
[AppleScript] 纯文本查看 复制代码

library(ChIPpeakAnno) 
library(TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene)  
library(TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.ensGene)
library(EnsDb.Mmusculus.v79)
data("TSS.mouse.GRCm38")

studyID <- 'yy_190' 
bedPeaksFile <- 'yy-190_peaks.narrowPeak' 
gr1 <- toGRanges(bedPeaksFile, format="BED")  
aCR<-assignChromosomeRegion(gr1, nucleotideLevel=FALSE, 
                            precedence=c("Promoters", "immediateDownstream", 
                                         "fiveUTRs", "threeUTRs", 
                                         "Exons", "Introns"), 
                            TxDb=TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene)
png(paste0(studyID,'_genomic_feature_distribution_barplot.png'))
barplot(aCR$percentage, las=3)
dev.off()

前提是,你要学会R语言
你这个问题很复杂,需要打赏,请点击 http://www.bio-info-trainee.com/donate 进行打赏,谢谢
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 楼主| 发表于 2016-12-19 19:12:02 | 显示全部楼层
Jimmy 发表于 2016-12-19 18:53
在R里面很简单!
[mw_shl_code=applescript,true]

这个R包做的不是基因层次上面的分布么,我想得到的是mRNA水平上的,没有intron exon什么的,只有5· TSS CDS STOP 3·这几个区域的分布。
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发表于 2016-12-19 19:28:43 | 显示全部楼层
你的这个注释我觉得有点像对CLIP的结果做注释了,我觉得对于CLIP来说不应该按照Chip的方式来注释了,所以准确的来说Chip的一些注释名词不太适用于RNA层面了。
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