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GDC中下载文件名和临床信息对应关系

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发表于 2016-12-20 15:45:49 | 显示全部楼层 |阅读模式
请问一下,我根据版主前面的方法,把GDC中下载的数据已经整合到一个Analysis中,但是不太会根据这个名称查看相对应的临床信息,因为我是下载了所有有关我研究的癌症的数据,大概有一千多个文件,共对应着五百多了样本,不可能一个个去查,请问有没有好的方法???
如00507d23-fbf3-4363-beff-aea03f9c5d2b,不是很懂。
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发表于 2016-12-21 03:40:24 | 显示全部楼层
数据文件与临床信息的对应关系存在一个.json文件里。当你把数据放到购物车进行下载的时候记得同时把metadata下载下来。这个也需要用脚本进行提取
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 楼主| 发表于 2016-12-21 19:04:43 | 显示全部楼层
bioinfo.dong 发表于 2016-12-21 03:40
数据文件与临床信息的对应关系存在一个.json文件里。当你把数据放到购物车进行下载的时候记得同时把metadat ...

您好!非常感谢您的解答,再问一下,那从GDC中clinical选项中下载的BCR XML格式的文件有什么用处,还有就是下载下来的.xml 网页打不开是我网页的问题还是本来就是打不开的呀~~???
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发表于 2016-12-22 01:46:23 | 显示全部楼层
w1035660826 发表于 2016-12-21 19:04
您好!非常感谢您的解答,再问一下,那从GDC中clinical选项中下载的BCR XML格式的文件有什么用处,还有就 ...

xml的文件也是存着clinical data的,跟metadata的区别就是metadata存着购物车里所有数据对应的clinical data,而xml文件只对应单个样本的clinical data。那个文件也需要用脚本来提取数据,应该是不能用浏览器打开直接用的
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 楼主| 发表于 2016-12-27 16:08:39 | 显示全部楼层
bioinfo.dong 发表于 2016-12-22 01:46
xml的文件也是存着clinical data的,跟metadata的区别就是metadata存着购物车里所有数据对应的clinical d ...

ok, thank you very much
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发表于 2017-3-25 11:31:24 | 显示全部楼层
bioinfo.dong 发表于 2016-12-22 01:46
xml的文件也是存着clinical data的,跟metadata的区别就是metadata存着购物车里所有数据对应的clinical d ...

您好!那如何从metadata文件中提取对应的临床信息呢?今天下载样本数据时发现,样本的数量和临床信息的数量不一样,这样的话应该就是从metadata中提取临床信息!不知对不对,请大神指教!
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 楼主| 发表于 2017-3-28 20:10:40 | 显示全部楼层
yjl 发表于 2017-3-25 11:31
您好!那如何从metadata文件中提取对应的临床信息呢?今天下载样本数据时发现,样本的数量和临床信息的数 ...

最好直接从metadata中提取信息比较好
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发表于 2017-3-29 18:37:48 | 显示全部楼层
w1035660826 发表于 2017-3-28 20:10
最好直接从metadata中提取信息比较好

您好!请问有提取的脚本吗?自己菜鸟,不会写脚本,初次之外还有其他办法吗?谢谢
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 楼主| 发表于 2017-3-29 20:33:49 | 显示全部楼层
yjl 发表于 2017-3-29 18:37
您好!请问有提取的脚本吗?自己菜鸟,不会写脚本,初次之外还有其他办法吗?谢谢 ...

这个看你想要提取什么信息的,不同的信息的话脚本也有所不同的
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发表于 2017-3-29 20:47:30 | 显示全部楼层
w1035660826 发表于 2017-3-29 20:33
这个看你想要提取什么信息的,不同的信息的话脚本也有所不同的

提取他主要的临床信息,然后与表达谱数据进行匹配
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