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看了一篇HATs和HDACs的文章

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发表于 2016-12-28 17:42:33 | 显示全部楼层 |阅读模式
HATs和HDACs是什么东西,大家自己搜索学习哈。
是2009年发表在cell上面的文章了:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19698979
作者做了5个HATs的CHIP-seq数据,还有4个HDACs的chipseq数据:GCN5, PCAF, CBP, p300, Tip60, and MOF
人有18个HDACs,分成4类!

HDACs以前被认为是在机体起抑制作用,如果这个酶起抑制作用,那么它应该会在大量基因的promoter等调控区域富集,但是作者的CHIP-seq数据没有发现这个现象

作者发现表达量低的基因并不是因为大量富集了HDACs,表达量高的基因也可以大量富集HDACs,所以HDACs并不是绝对的抑制作用!有趣的是,如果加入了 HDAC inhibitors ,也就是TSA之后,可以导致机体的某些基因迅速大量的被乙酰化,说明 HATs和HDACs是一个高度动态平衡的系统,一旦抑制了HDACs之后,HATs的活性里面上升,效果杠杠的

在那些激活着的基因里面,HATs会不停的给它们乙酰化,所以HDACs的一个功能就是在转录起始和延伸过程中,持续的去乙酰化,维持动态平衡。对那些非激活的基因来说,还是去乙酰化,维持这些基因的低乙酰化水平这样才能阻止polyII的结合,抑制这些基因的表达。而TSA的处理,对这两类基因的效果是不一样的

对那些激活着的基因来说,为什么HDACs也很多呢?一个原因可能是需要它们的去乙酰化功能来维持染色质的某种状态。因为是动态平衡,它在去乙酰化的同时也在激活HATs的乙酰化功能。过量的乙酰化对基因也并不好,因为它使得染色质不稳定了。

对primed gene来说,就是那些被H3K4me给充满了的基因。HATs和HDACs的动态平衡维持在极低的水平。用高灵敏的qPCR可以检测到。如果用TSA这样的HDACs抑制剂处理,会使得这样的基因的乙酰化水平迅速大量的升高。HDACs对这样的基因的作用非常重要,即维持了它们的低表达,就保证了它们的可活化性。
这样就衍生了一个问题,为嘛gene的H3K4me状态会影响着HDACs对这样的基因的效果呢?所以作者敲除了WDR5来抑制H3K4 methylation状态,来探究这个问题。

最后是对真正的silent genes来说,它们不受HDACs的影响,加TSA这样的抑制剂对它们没什么影响。




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 楼主| 发表于 2016-12-28 18:24:37 | 显示全部楼层
我的好友舒老师点评如下:
对于silent基因,dna甲基化及其诱导形成的异染色质对基因的沉默是永久性的,很大程度上不可逆(至少生理条件下很难观察到系统性的去甲基化),去乙酰化更可能是读取DNA和组蛋白甲基化这些marker之后辅助沉默的机制,所以这类基因TSA单独没有效果,AZA+TSA就可能会激活了!
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发表于 2016-12-29 08:03:22 | 显示全部楼层
涨姿势了
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