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楼主: Jimmy

生信编程直播第四题:多个同样的行列式文件合并起来

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发表于 2018-2-18 09:37:38 | 显示全部楼层
这个题目其实可以再添加一点内容,例如从TCGA下载的数据,每个样本gene表达情况是单个文件夹下txt文件或者gz文件,而不是全部样本的gene表达在一个文件夹中,所以这个需要进一步预处理得到全部样本的表达在一个文件夹进行合并。
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发表于 2018-4-11 10:11:21 | 显示全部楼层
zckoo007 发表于 2017-2-15 21:46
002+python
1. 虽然程序很短,但是每一条都是精华。
2. 开始了解输出type() 的重要性。

为什么你最好一行要加个 main() ?  没有定义main()函数啊
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发表于 2018-4-27 09:14:30 | 显示全部楼层
W.Peng 发表于 2017-2-28 17:08
合并文件可以用linux的join命令,将两个文件里指定栏位同样的行连接起来,但这两个文件必须是按照同样的规 ...

有一问题请教:awk '{print$1}' ${i}.new > tmp.txt 这条命令对于要合并的所有文件都是相同的基因是可以的,但是每个文件中都有不同的基因,那么这条命令会只在tmp.txt中输入最后一个文件的所有$1(也就是基因名)。请问还有办法能解决吗?
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发表于 2018-4-27 09:51:20 | 显示全部楼层
只能给题主一个赞了,好像知道我不懂perl【苦笑】,shell+R很方便
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发表于 2018-7-12 13:42:52 | 显示全部楼层
猪兔子2号 发表于 2017-1-4 22:44
htseq-count出来一样的行的,我会用下面这个命令来做
[mw_shl_code=shell,true]paste file1 file2 file3 |  ...

最后一个print $i是不是没什么意义的,换成print“\n”也一样?
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发表于 2018-7-12 14:15:30 | 显示全部楼层
disheng 发表于 2017-1-8 20:13
043-perl-R-shell-涤生

学习了二楼yydBIG的二维哈希,真的太棒了。参照他的思想,用哈希也写了个

你这个是不是无法处理那些在某些样品中没有出现的
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发表于 2018-10-23 16:34:39 | 显示全部楼层
yydBIG 发表于 2016-12-29 11:12
贴一个perl实现的版本,不用排序,没出现的用0代替。使用方法:
perl zuhe.pl file1 file2 ...
[mw_shl_cod ...

好棒 直接可以使用  新手点个赞
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发表于 2019-5-30 11:14:26 | 显示全部楼层
end2end 发表于 2017-1-6 19:06
I think pandas can make our job easier!

[mw_shl_code=python,true]import pandas

列表和pandas的完美结合  厉害!!
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发表于 2019-6-2 20:32:50 | 显示全部楼层
Jimmy 发表于 2016-12-29 09:41
这种情况下是一致的,但是,如果呢,比如其它软件,其它情况下,如果你需要合并vcf文件,坐标就不一致了 ...

基因顺序不一致的情况下,应该怎么写,有没有思路或者写好的python脚本?谢谢!
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