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string 蛋白预测互作

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发表于 2016-12-29 14:08:06 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 chenlijuan_009 于 2016-12-29 14:07 编辑

String 蛋白互作预测
是一个搜索已知蛋白之间和预测蛋白质之间相互作用系统。可是包括蛋白质直接物理的相互作用,也包括蛋白质之间间接功能相关性。数据包括:实验数据、从pubMed摘要中文挖掘结果和综合其他数据外,还有利用生物信息学方法预测有结果。用一个打分对不同方法得来结果给予一定权重,得到综合得分。
String网址(http://www.string-db.org/)主页:
进入以后就有以下界面:
左边可以选择:
Protein by name 蛋白名称
Protein by sequence 蛋白序列
Multiple proteins 多个蛋白名称
Multiple sequences 多条蛋白序列

1.用蛋白名称来搜索:
2.单一蛋白序列搜索
3.多蛋白名称搜索/多蛋白序列搜索:
a.可以提供蛋白列表直接复制到list of names
b.可以按Browse按钮来进行添加本地文件。
4.string结果

不同颜色代表不同证据。
彩色点:是代表有互作蛋白。
5.单击:可以得到相关信息
下面是相关点和线信息:












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发表于 2016-12-29 15:44:31 | 显示全部楼层
辛苦了,对了, 你有用过R包的stringdb吗?
你这个问题很复杂,需要打赏,请点击 http://www.bio-info-trainee.com/donate 进行打赏,谢谢
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发表于 2017-1-2 13:09:29 | 显示全部楼层
顶一个!!!
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发表于 2017-1-25 10:50:29 | 显示全部楼层
Jimmy 发表于 2016-12-29 15:44
辛苦了,对了, 你有用过R包的stringdb吗?

你好,在使用R包的stringdb的时候对输入文件有什么要求吗?为什么我这边总是读取不了我自己的输入文件。
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发表于 2017-1-25 11:33:22 | 显示全部楼层
173318328 发表于 2017-1-25 10:50
你好,在使用R包的stringdb的时候对输入文件有什么要求吗?为什么我这边总是读取不了我自己的输入文件。 ...

有要求的,我博客有讲,http://www.bio-info-trainee.com/2041.html,用R的bioconductor里面的stringDB包来做PPI分析
你这个问题很复杂,需要打赏,请点击 http://www.bio-info-trainee.com/donate 进行打赏,谢谢
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发表于 2017-1-25 12:09:01 | 显示全部楼层
Jimmy 发表于 2017-1-25 11:33
有要求的,我博客有讲,http://www.bio-info-trainee.com/2041.html,用R的bioconductor里面的stringDB包 ...

感谢您的回复,我的输入文件格式是这样的:logFC        pvalue        gene
                                             -1.036414978        4.00E-150        Bol045442
                                             -3.405319484        1.32E-147        Bol022221
                                             -1.218145634        0                Bol040826
也是三列信息,把这个文件放到data文件夹下,在用string_db$map函数的时候只需要写上文件名称就可以调用读取这个文件了吗?还有什么其他要注意的?因为这样也是不能读取的,我看到他的原始的例子好像是一个二进制的文件?
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发表于 2018-5-20 16:17:32 | 显示全部楼层
string_db$map只能下载两个数据包,其他四个,不能下载,为什么?开始下载特别快,这是什么原因呀?请高手告诉我,麻烦了
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发表于 2018-5-24 22:56:21 | 显示全部楼层

string_db$map的数据包怎么下不下来呢?高手告诉一下,是什么原因呢,换了几个地方下,都只能下两个包,麻烦告诉我一下,谢谢了
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