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[expression-profile] 在3个生物学重复不同处理下,如何筛选差异基因

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发表于 2016-12-29 16:14:02 | 显示全部楼层 |阅读模式
请教下各位:
做的转录组测序,设三对重复。A株对照和处理;B株对照和处理;C株对照和处理。
这样设计后,在筛选差异表达基因的时候,一般怎么筛选 更可靠呢?
每对筛选出差异基因,再选三对共有的?
还是3株对照组合一起,3株处理组合一起,然后再筛选这2组的差异表达基因?
还是有别的标准?

有没有相对较好的方案,还是每种都要试一遍?

有没有相关文献参考?

非常感谢!

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发表于 2016-12-29 17:10:17 | 显示全部楼层
既然都做了生物学重复,一般都是3株对照组合一起,3株处理组合一起,deseq2处理,筛选2组的差异表达基因。如果差异基因比较少时,再考虑其他方法
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 楼主| 发表于 2016-12-30 09:18:38 | 显示全部楼层
btrainee 发表于 2016-12-29 17:10
既然都做了生物学重复,一般都是3株对照组合一起,3株处理组合一起,deseq2处理,筛选2组的差异表达基因。 ...

嗯,多谢。
再请教个问题,如果没有生物学重复,是不是DESeq2/edgeR都不好用了,要用DESeq来处理并筛选差异表达的基因了吗?我看了下两个R包的说明书,想再确认下
谢谢!
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发表于 2016-12-30 23:13:05 | 显示全部楼层
anlan 发表于 2016-12-30 09:18
嗯,多谢。
再请教个问题,如果没有生物学重复,是不是DESeq2/edgeR都不好用了,要用DESeq来处理并筛选差 ...

没有生物学重复就DEGseq了
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 楼主| 发表于 2017-1-2 15:03:57 | 显示全部楼层
btrainee 发表于 2016-12-30 23:13
没有生物学重复就DEGseq了

嗯 ,多谢
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