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致病性SNP分布在基因什么位置?

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发表于 2017-1-2 15:30:44 | 显示全部楼层 |阅读模式
1000 genome 可以下载2504个人的变异记录文件,VCF格式的。
EXAC可以下载六万多人的vcf文件,那些variation的坐标都是已知的。
那么问题就来了,那些variation在各个染色体的分布情况有没有偏好性呢?有没有GC偏好性呢?
有没有genomic feature偏好性呢?promoter?enhancer?TSS,genebody,intron,exon,utr???

如果只考虑致病性SNP呢?因为这个有医学意义:

在最新一期的《Nature Review Genetics》中,副主编Liesbet Lieben撰写的一篇研究亮点介绍,强调了英国巴斯大学Milner进化中心博士研究生XianMing Wu与Laurence Hurst教授的一项研究,这项研究发表在本月的《Molecular Biology and Evolution》上,关注致病突变在基因中的位置。这一研究结果对遗传病的诊断有一定的意义。
挑战一个普遍观念
目前一个普遍的观念认为,外显子中的致病突变,可使蛋白质发生轻微的变化。这表明,疾病相关的基因突变,同等地存在于一个外显子的所有位置中。但是,该研究小组发现,事实并不是这样。
研究人员使用一个数据库,里面的数千个突变已知与人类遗传疾病有关,他们发现,致病突变更容易发生在外显子的末端位置。
XianMing说:“这个偏见真的很大。外显子中心的突变,只是我们预期数目的一半,它们随机地分散。”
Laurence补充说:“所有的致病突变中,有超过80%的突变发生在这些末端部位。我们的研究结果表明,有非常高比例的突变,并不是以人们通常假设的机制引发疾病。我们估计,四分之一到一半的致病突变,是通过这种错误加工途径起作用的。”
Laurenc总结说:“我们这项研究结果的一个主要影响就是,作为一个共同体,一直以来我们可能忽视了许多真正重要的突变。只是因为我们不明白为什么它们应该是重要的。”
参考文献:
1. Liesbet Lieben. Disease genetics: SNP location helps predict disease aetiology, Nature Reviews Genetics (2015). DOI: 10.1038/nrg.2015.12
2. XianMing Wu and Laurence D. Hurst. Determinants of the usage of splice-associated cis-motifs predict the distribution of human pathogenic SNPs. Mol Biol Evol (2015) doi: 10.1093/molbev/msv251 First published online: November 5, 2015
文章原题:SNP的位置可预测疾病的病因




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 楼主| 发表于 2017-1-2 15:31:51 | 显示全部楼层
这个做起来会比较复杂,首先如何从vcf文件里面挑选致病性SNP,生信菜鸟几乎不可能完成,但是你们可以看看所有的variation是如何发布的
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