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UTR区域count数的统计

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发表于 2017-1-4 21:38:51 | 显示全部楼层 |阅读模式
首先要要有UTR区域的gtf文件,大家可以去UCSC下载bed文件自己转化成gtf文件,此两处都需要写脚本,由于没等服务器,就不列了。
然后bed文件转化成gtf文件时由于还要知道gene_symbol,所以还需要下载包含gene_symbol和refseq相互转化的列表,注意一定要把一定要包含gene_id,htseq-count,默认识别gtf文件中的这个标识,这个列表可以去NCBI上下载也可以去UCSC下载,然后在服务器上安装htseq-count。然后可以使用htseq-count -f bam your.bam gtf.file >test。得到utr区域的count数。



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发表于 2017-6-8 21:27:01 | 显示全部楼层
小白请教一下楼主,计算count,是看有多少条utr?的意思吗
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 楼主| 发表于 2017-8-30 23:37:54 | 显示全部楼层
haozhou 发表于 2017-6-8 21:27
小白请教一下楼主,计算count,是看有多少条utr?的意思吗

不是,我这边是计算每个基因的UTR区域有多少read counts数
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