搜索
楼主: Jimmy

生信编程直播第二题-hg19基因组序列的一些探究

  [复制链接]

10

主题

52

帖子

559

积分

版主

Rank: 7Rank: 7Rank: 7

积分
559
QQ
发表于 2017-7-12 15:58:17 | 显示全部楼层
芋头 发表于 2017-7-12 01:59
请问层主是在哪里看的视频,我找不到链接啊.....

视频是要购买的,可以联系版主询问。
回复 支持 反对

使用道具 举报

0

主题

3

帖子

39

积分

新手上路

Rank: 1

积分
39
发表于 2017-7-13 03:41:32 | 显示全部楼层
旭日早升 发表于 2017-7-12 15:58
视频是要购买的,可以联系版主询问。

好的,谢啦
回复 支持 反对

使用道具 举报

0

主题

4

帖子

103

积分

注册会员

Rank: 2

积分
103
发表于 2017-9-1 17:18:41 | 显示全部楼层
#!/usr/bin/perl -w

#hg19每条染色体长度,每条染色体N的含量,GC含量。(fasta文件的探索)
use strict;

open IN,"<$ARGV[0]" or die $!;
print "chr\tA\tT\tGC\tN\tlength\tGC(%)\tN(%)\n";

my $id;
my $seq;
my %seq;
while(<IN>){
        chomp;
        if ($_=~/^>/){
                $id = $_;
        }
        else {
                $seq{$id} .= $_;
        }
}
=cut
        foreach $id (sort keys %seq){
        print "$id\n$seq{$id}\n";
        }
打印哈希
=cut
my $GC;
my $seq_len;
my $GC_rat;
my @GC;
my @A;
my @T;
my @N;
my $A;
my $T;
my $N;

foreach $id (sort keys %seq){
         $seq_len = length $seq{$id};


         @GC = ($seq{$id} =~/(G|C|g|c)/g);
         $GC = $#GC +1;
         @A = ($seq{$id} =~/(A|a)/g);
         $A = $#A +1;
         @T = ($seq{$id} =~/(T|t)/g);
         $T = $#T +1;
         @N = ($seq{$id} =~/(N|n)/g);
         $N = $#N +1;       
     
         my $percent_GC = ($GC)/($A+$T+$GC);
         my $percent_N = ($N)/($A+$T+$GC);
        print "$id\t$A\t$T\t$GC\t$N\t$seq_len\t$percent_GC\t$percent_N\n";
}


close IN;

E:\资料\perl\生信技能树\第二题
回复 支持 反对

使用道具 举报

3

主题

8

帖子

193

积分

注册会员

Rank: 2

积分
193
发表于 2017-12-27 19:30:50 | 显示全部楼层
[Python] 纯文本查看 复制代码
 	
#! /bin/python
import pysam
import os
os.chdir("/home/liuzh/gpfs/zhangxt/practice")
hg19 = pysam.FastaFile("hg19.fa")
for chr in hg19.references:
	seq = hg19.fetch(chr)
	seqLen = len(seq)
	N = seq.count("N")
	GC = seq.count("G")+seq.count("C")+seq.count("g")+seq.count("c")
	print(chr,"N%","%.2f"%(N/seqLen),"GC%","%.2f"%(GC/(seqLen-N)))


回复 支持 反对

使用道具 举报

您需要登录后才可以回帖 登录 | 立即注册

本版积分规则

QQ|手机版|小黑屋|生信技能树 ( 粤ICP备15016384号  

GMT+8, 2019-9-16 15:43 , Processed in 0.037289 second(s), 22 queries .

Powered by Discuz! X3.2

© 2001-2013 Comsenz Inc.