生信编程直播第三题：hg38每条染色体基因,转录本的分布

jiamin_2010

旭日早升 发表于 2017-1-18 15:43
201-python-无名
本周的作业是探索基因组注释gtf文件，首先需要对gtf文件有一定了解，我最早是从gencode开 ...

你知道视频在哪里吗？

旭日早升

jiamin_2010 发表于 2018-5-13 10:57
你知道视频在哪里吗？

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sensitive-name

借鉴老师的perl单行命令，统计了所有基因的平均转录本，最终结果是3.43579

[Bash shell] 纯文本查看 复制代码

cat gencode.v27.primary_assembly.annotation.gtf|perl -alne '{next unless $F[2] eq "transcript" ;/gene_id "(.*?)";/;print $1}'  |sort |uniq -c|awk 'BEGIN{a=0} {a=$1+a} END{print a/NR}'