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楼主: Jimmy

生信编程直播第三题:hg38每条染色体基因,转录本的分布

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发表于 2018-5-13 10:57:04 | 显示全部楼层
旭日早升 发表于 2017-1-18 15:43
201-python-无名
本周的作业是探索基因组注释gtf文件,首先需要对gtf文件有一定了解,我最早是从gencode开 ...

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发表于 2018-7-4 15:46:48 | 显示全部楼层
jiamin_2010 发表于 2018-5-13 10:57
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发表于 2018-9-4 09:36:28 | 显示全部楼层
借鉴老师的perl单行命令,统计了所有基因的平均转录本,最终结果是3.43579
[Bash shell] 纯文本查看 复制代码
cat gencode.v27.primary_assembly.annotation.gtf|perl -alne '{next unless $F[2] eq "transcript" ;/gene_id "(.*?)";/;print $1}'  |sort |uniq -c|awk 'BEGIN{a=0} {a=$1+a} END{print a/NR}'
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