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格式转换小任务-bam2bw

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发表于 2017-1-6 09:41:35 | 显示全部楼层 |阅读模式
需要了解bam是什么,请谷歌!就是sam格式的二进制压缩
需要了解bw是什么,请谷歌!全称是bigwig文件,UCSC定义的。如下图,请自行仔细理解!!!!!!

了解了数据文件格式的定义,写脚本转换就很容易啦!如下:

[Perl] 纯文本查看 复制代码
## bam to wig 
samtools depth SRR1042593.sorted.bam | perl -ne 'BEGIN{ print "track type=print wiggle_0 name=SRR1042593 description=SRR1042593\n"}; ($c, $start, $depth) = split; if ($c ne $lastC) { print "variableStep chrom=$c span=10\n"; };$lastC=$c; next unless $. % 10 ==0;print "$start\t$depth\n" unless $depth<3' > SRR1042593.wig
samtools depth SRR1042594.sorted.bam | perl -ne 'BEGIN{ print "track type=print wiggle_0 name=SRR1042594 description=SRR1042594\n"}; ($c, $start, $depth) = split; if ($c ne $lastC) { print "variableStep chrom=$c span=10\n"; };$lastC=$c; next unless $. % 10 ==0;print "$start\t$depth\n" unless $depth<3' > SRR1042594.wig



还是那句话,谷歌可以发现很多现成的工具,它们做的正确性要高很多,而且考虑非常多的细节。
可以来检查自己的脚本。但是自己写也是有意义的。

比如masc2和deeptools都可以做到把bam变成bw格式文件。






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