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楼主: 017中大普外

GO,Kegg,GSEA富集分析神包clusterprofiler

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发表于 2017-8-25 12:27:11 | 显示全部楼层
如果我研究的物种是非模式生物怎么做?怎么制作OrgDb
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发表于 2017-12-13 15:25:28 | 显示全部楼层
本人菜鸟,转换ID没问题了,请问读取的id在gene1里是个什么样的格式,我直接读取第一列的id报错,cluster'Profiler说明书说的vector不是很懂,加双引号的空格间隔的一行数据?
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发表于 2017-12-13 16:46:39 | 显示全部楼层
ruismart 发表于 2017-12-13 15:25
本人菜鸟,转换ID没问题了,请问读取的id在gene1里是个什么样的格式,我直接读取第一列的id报错,cluster'P ...

把数据第一列取出来变成行,R里read.table就可以用了,提示把summary换成as.data.frame

我用相同的id,KEGG mapper,能出来200+的pathway,enrichKEGG只出来6个富集的基因比较多的...研究中~
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发表于 2018-1-18 21:51:56 | 显示全部楼层
本帖最后由 月野兔Pro 于 2018-1-19 00:21 编辑

我想请问以下 genelist 里面是什么内容?我的差异基因文件是 ID(ENSG+数字)、logFC、P值
然后用以下代码:
RT=read.table("差异基因.txt",header=FALSE)
neeed <- RT[2:112,]#提取第2-112行内容
geneList = as.character(neeed[,1])
head(geneList)
require(DOSE)
require(clusterProfiler)
ego <- enrichGO(gene=geneList,OrgDb="org.Hs.eg.db",ont="MF",pvalueCutoff=0.05,qvalueCutoff = 0.2,readable=TRUE)
然后的出来       No gene can be mapped....
--> Expected input gene ID: 79796,221078,83939,80235,54974,8818
--> return NULL...
   刚入门生信,望大佬指点一哈

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发表于 2018-1-23 19:24:18 | 显示全部楼层
一模一样的代码,但是我的结果是空的。。。。。。。为什么
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发表于 2018-5-29 16:22:20 | 显示全部楼层
Y叔神器,已学习
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发表于 2018-6-11 09:39:56 | 显示全部楼层
本帖最后由 老舅妈沙特人 于 2018-6-11 09:45 编辑

现在好像可以用这样来弄,这里面的gene就是gene的ID那一列相当于symbol
[Python] 纯文本查看 复制代码
gene.df <-bitr(gene, fromType = "ENTREZID", 
        toType = c("ENSEMBL", "SYMBOL"),
        OrgDb = org.Hs.eg.db)



org.Hs.eg.db加载方法如下
[Python] 纯文本查看 复制代码
source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("org.Hs.eg.db")



这样可以省略曾团长的那个annotation函数。
不知道对不对啊,求大神们给个信
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