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[tutorial] trim_galore做质控

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发表于 2016-9-2 21:47:33 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 猪兔子 于 2016-9-5 14:15 编辑

1,下载trim_galore软件
http://www.bioinformatics.bbsrc.ac.uk/projects/trim_galore/
2,解压软件包
unzip trim_galore_v0.4.1.zip
3,把路径加入环境变量
一般pwd看一下当前路径
编辑环境变量文件一般在home路径下.bashrc文件中,把软件路径加入即可
4,下载依赖软件
fastqc和cutadapt,一样的安装方法。然后运行trim_galore,这个软件先去除低质量reads,再调用cutadapt去除接头(默认调用illumina接头),最后可选择调用fastqc看看read质量情况。
5,运行trim_galore
[Perl] 纯文本查看 复制代码
#!user/bin/perl
$CleanFastqcPath="./1-data/cleanreadfastqc";
$OutPath="./1-data";
@name=("Sample1","Sample2");
foreach $Sample(@name){
$read1="$Sample.read1.fq";
$read2="$Sample.read2.fq";
nohup trim_galore -q 20 --phred33 --fastqc --stringency 1 --fastqc_args \"--outdir $CleanFastqcPath\" -e 0.1 --dont_gzip --length 35 -o $OutPath --paired $read1 $read2 >$Sample.trimgalore.log
}
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发表于 2016-9-2 22:06:51 | 显示全部楼层
后面的代码可以添加高亮~
我的微博:dulunar
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发表于 2016-9-5 19:34:31 | 显示全部楼层
你的代码高亮没有问题呀,挺好的
你这个问题很复杂,需要打赏,请点击 http://www.bio-info-trainee.com/donate 进行打赏,谢谢
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