搜索
查看: 3458|回复: 1

画突变频谱

[复制链接]

633

主题

1189

帖子

4054

积分

管理员

Rank: 9Rank: 9Rank: 9

积分
4054
发表于 2017-1-22 19:21:03 | 显示全部楼层 |阅读模式
得到96种突变频谱的数据很简单,见我的直播基因组即可。
今天朋友跟我说我可视化太丑了,给了我一个别人的例子,我觉得很赞,我把我的数据公布出来,你们仔细思考一下,如何达到人家的水平! [mw_shl_code=applescript,true]  22259 C:A        ACA
  15358 C:A        ACC
   7899 C:A        ACG
  11481 C:A        ACT
  14123 C:A        AGA
   7712 C:A        AGC
  12104 C:A        AGG
  11692 C:A        AGT
  14075 C:A        CCA
  11983 C:A        CCC
   7860 C:A        CCG
  12199 C:A        CCT
   4402 C:A        CGA
   7149 C:A        CGC
   7850 C:A        CGG
   7899 C:A        CGT
  12958 C:A        GCA
   9216 C:A        GCC
   6997 C:A        GCG
   7713 C:A        GCT
   9215 C:A        GGA
   9308 C:A        GGC
  12121 C:A        GGG
  15555 C:A        GGT
  12613 C:A        TCA
   9160 C:A        TCC
   4439 C:A        TCG
  14304 C:A        TCT
  12558 C:A        TGA
  13012 C:A        TGC
  14456 C:A        TGG
  22411 C:A        TGT
  21499 C:G        ACA
  10258 C:G        ACC
   9436 C:G        ACG
  16817 C:G        ACT
  22300 C:G        AGA
  10351 C:G        AGC
  10680 C:G        AGG
  16746 C:G        AGT
   8134 C:G        CCA
   8884 C:G        CCC
   5479 C:G        CCG
  10476 C:G        CCT
   7270 C:G        CGA
   8087 C:G        CGC
   5506 C:G        CGG
   9509 C:G        CGT
  10813 C:G        GCA
   8988 C:G        GCC
   7920 C:G        GCG
  10033 C:G        GCT
  11119 C:G        GGA
   8995 C:G        GGC
   8976 C:G        GGG
  10288 C:G        GGT
  14692 C:G        TCA
  10848 C:G        TCC
   7272 C:G        TCG
  22627 C:G        TCT
  14573 C:G        TGA
  10722 C:G        TGC
   8250 C:G        TGG
  21772 C:G        TGT
  66276 C:T        ACA
  31747 C:T        ACC
  86812 C:T        ACG
  53166 C:T        ACT
  39299 C:T        AGA
  32469 C:T        AGC
  39927 C:T        AGG
  53047 C:T        AGT
  33576 C:T        CCA
  30192 C:T        CCC
  66061 C:T        CCG
  40071 C:T        CCT
  45066 C:T        CGA
  54404 C:T        CGC
  66494 C:T        CGG
  85995 C:T        CGT
  30077 C:T        GCA
  26169 C:T        GCC
  54643 C:T        GCG
  32588 C:T        GCT
  30845 C:T        GGA
  26314 C:T        GGC
  29378 C:T        GGG
  31615 C:T        GGT
  32837 C:T        TCA
  30548 C:T        TCC
  44308 C:T        TCG
  39251 C:T        TCT
  32665 C:T        TGA
  30160 C:T        TGC
  33937 C:T        TGG
  65952 C:T        TGT
  12666 T:A        AAA
   9653 T:A        AAC
  11052 T:A        AAG
  13611 T:A        AAT
  12530 T:A        ATA
  10244 T:A        ATC
  11822 T:A        ATG
  13886 T:A        ATT
   5702 T:A        CAA
   7522 T:A        CAC
   9042 T:A        CAG
  11783 T:A        CAT
   5784 T:A        CTA
   7530 T:A        CTC
   8842 T:A        CTG
  10949 T:A        CTT
   5801 T:A        GAA
   5690 T:A        GAC
   7645 T:A        GAG
  10287 T:A        GAT
   5587 T:A        GTA
   5718 T:A        GTC
   7730 T:A        GTG
   9552 T:A        GTT
  14342 T:A        TAA
   5489 T:A        TAC
   5675 T:A        TAG
  12620 T:A        TAT
  14120 T:A        TTA
   5634 T:A        TTC
   5956 T:A        TTG
  12503 T:A        TTT
  39587 T:C        AAA
  31346 T:C        AAC
  37892 T:C        AAG
  55948 T:C        AAT
  67641 T:C        ATA
  30555 T:C        ATC
  85440 T:C        ATG
  55514 T:C        ATT
  42559 T:C        CAA
  50896 T:C        CAC
  62895 T:C        CAG
  85227 T:C        CAT
  30639 T:C        CTA
  28698 T:C        CTC
  62769 T:C        CTG
  37928 T:C        CTT
  29734 T:C        GAA
  23705 T:C        GAC
  28669 T:C        GAG
  30382 T:C        GAT
  27589 T:C        GTA
  24008 T:C        GTC
  51215 T:C        GTG
  31466 T:C        GTT
  31309 T:C        TAA
  27214 T:C        TAC
  31112 T:C        TAG
  67345 T:C        TAT
  31091 T:C        TTA
  29738 T:C        TTC
  42681 T:C        TTG
  39844 T:C        TTT
  22142 T:G        AAA
  13805 T:G        AAC
   8509 T:G        AAG
  11740 T:G        AAT
  13567 T:G        ATA
   7294 T:G        ATC
  12370 T:G        ATG
  11597 T:G        ATT
  13644 T:G        CAA
  13933 T:G        CAC
   9027 T:G        CAG
  12596 T:G        CAT
   4729 T:G        CTA
   7427 T:G        CTC
   8955 T:G        CTG
   8615 T:G        CTT
  11747 T:G        GAA
   7929 T:G        GAC
   7366 T:G        GAG
   7132 T:G        GAT
   8283 T:G        GTA
   7963 T:G        GTC
  13847 T:G        GTG
  13742 T:G        GTT
  11352 T:G        TAA
   8228 T:G        TAC
   4852 T:G        TAG
  13413 T:G        TAT
  11465 T:G        TTA
  11518 T:G        TTC
  13847 T:G        TTG
  21996 T:G        TTT
[/mw_shl_code]需要达到的效果如下:

mutation signature

mutation signature

尽量不要用太多的代码,几百行那种耗费精力的事情,不可取~




上一篇:把多行文本文件提炼出矩阵来
下一篇:在R里面实现read.table(file, sep = "\t", fill=TRUE)的效果
你这个问题很复杂,需要打赏,请点击 http://www.bio-info-trainee.com/donate 进行打赏,谢谢
回复

使用道具 举报

0

主题

1

帖子

36

积分

新手上路

Rank: 1

积分
36
发表于 2017-1-23 11:30:56 | 显示全部楼层
https://github.com/BGI-LuoWen/lwlegopt,我这个画3D-lego图的小工具,其实就是勾股定理的应用而已。代码长是因为在填充颜色上使用两种不同的方法,默认的是效果与速度最快的方法。后期这小工具还会不断的更新,加入一些新的功能,做到可以拿来对cancer genome的做频谱这块的分析。
回复 支持 反对

使用道具 举报

您需要登录后才可以回帖 登录 | 立即注册

本版积分规则

QQ|手机版|小黑屋|生信技能树 ( 粤ICP备15016384号  

GMT+8, 2020-3-31 09:00 , Processed in 0.027242 second(s), 27 queries .

Powered by Discuz! X3.2

© 2001-2013 Comsenz Inc.