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用Rodeo----python里面的rstudio,打造数据分析和可视化的利器

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发表于 2017-2-1 17:29:15 | 显示全部楼层 |阅读模式
注:本文是生信媛微信公众号原创文章
作者:天地本无心
原文链接:
http://mp.weixin.qq.com/s/AohOPeRm7VS9GYABKKJLGg

所谓“工欲善其事,必先利其器”。

天下武功没高下,只是功力有深浅。执着于讨论哪种画图工具好,哪种工具不好,是一件很low的事。有这讨论的功夫,还不如专心于把一种工具学好。

Rodeo1.jpg

做数据分析以及可视化的时候,我们最需要的是什么?
  • 一个能自动补全的终端;
  • 一个写code文本编辑器;
  • 有即时呈现图片的能力;
熟悉R的使用的朋友肯定会知道, R里面有一个神器叫rstudio, 其好用程度也是让人不能自拔。但是万幸的是,python里面也有一款类似的工具,叫rodeo。


当然Python里面还有几款类似的工具,spider, wxpython, ipython notebook以及redeo, 如果你用了其中的一种,那就延续下去。如果你从来没有用过,那就开始用Rodeo和python组合吧。

这篇文章的目的不是写成Rodeo的一个tutorial,而只是一个初步的介绍。读者安装好之后,自己去稍微摸索,就知道怎么使用了。

1. 自动补全以及文档查询
Rodeo2.jpg

2. 在Rodeo中也可以在交互式环境中使用python。
Rodeo3.jpg
3. 当你的code中读入了一些Dataframe, matrix的表格类似文件后,可以再右上角的environment中查看,还支持Ctrl+F查询。
Rodeo4.jpg

4. 当然啦,做数据分析时,最快乐的事情是画出一张make sense, self-explanatory的图。当你欣赏自己画的图的时候。
Rodeo5.jpg

因为墙的缘故,有些读者可能上不去redeo和anaconda的官网,没关系,我将redeo的软件和anaconda软件(windows版本)传到了百度云,有需要自己下,链接见文末。

以前也用过ipython notebook, 但是越来越觉得它不是一个合格的IDE, 虽然你可以把它当IDE来用。但现在ipython notebook开发社区现在正在准备一个工具叫jupyter lab,据说可以弥补ipython notebook不像IDE的缺憾。 如果今后稳定版出来之后,如果好用,我也会写篇文章来介绍。 并且Rodeo有一个比Ipython notebook要好的地方,就是他对图片的每一个改动,都会有记录,可能你改来改去之后,发现其实先前的挺好的。这时候只要在Plot右侧挑选就行。如下图。

Rodeo6.jpg

我们再来说说python画图包。Python的画图包非常丰富,并且是越来越丰富, 比如Pygal, plotly, bokeh, seaborn等等。我们今后会主要介绍matplotlib,并且由于matplotlib是一款比较底层的设计,很多东西都能够通过自己设置给调整。如果说用matplotlib画图丑,那八成是自己没有掌握matplotlib画图的技巧。matplotlib可以画的图非常广泛,line chart,boxplot, scatter plot, bar plot, pie chart,  heat map等等。有些读者可能就会说了,看你把matplotlib画图给吹的。它能够画花吗?

Rodeo7.jpg


能。

参考链接:


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生信媛
bio_sxy



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