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转-纯R代码实现ssGSEA算法评估肿瘤免疫浸润程度

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发表于 2019-7-30 08:18:36 | 显示全部楼层 |阅读模式


纯R代码实现ssGSEA算法评估肿瘤免疫浸润程度

转自生信菜鸟团

a.主要是两个操作:ssGSEA和ggplot(点图+cor.test结果呈现);b.大家看问题角度不同,其实会比较有趣,比如,用R包提取pdf的做法(`因为我当时比较有时间,所以就不断地折腾,其实时间不够的话,我会复制粘贴到excel中再读进去`);比如,我的代码被不断说‘太丑’(`还好有把参照的其他代码放进去,那你说丑就丑吧;不过,其实操作能有最简单的函数实现,我就不给自己本来就不大的脑容量找麻烦了`);c.需要考虑的地方有两点,(1)如果你读了文章的话,会看到,绘制热图有提到`nomalized to 0-1`,后面搜索之后,才有了normalize那个function;(2)`duplicated gene_name的过滤`,要依据一定的规则会比较好,网上没有查到相关的有让我信服的推荐,后来,采用了jimmy的median排序进行操作(`算是没有标准的标准`);这里需要了解,GSVA函数里的两个输入,data和gene_set,既然,gene_set是gene-name,data指定需要是gene-name为主体;



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