转-干扰MYC-WWP1通路重新激活PTEN的抑癌活性——3步搞定GSEA...

huimeiwang

干扰MYC-WWP1通路重新激活PTEN的抑癌活性——3步搞定GSEA分析

转自生信菜鸟团

PTEN（Phosphatase And Tensin Homolog）是一个重要的抑癌基因，编码的蛋白具有蛋白磷酸酶和脂质磷酸酶活性，能拮抗PIK3-AKT信号通路，调控细胞增殖、生长和代谢。PTEN在多种肿瘤中发生高频突变，但通常没有发生完全失去活性，多表现为单等位基因上的功能缺失，亚细胞定位异常，或者发生特殊的翻译后修饰，因为完全的PTEN缺失会给癌细胞带来衰老问题，当然这也给靶向PTEN的治疗带来了机会。

研究目的：已知PTEN发挥功能需要细胞质膜上形成二聚体，但原因未知。作者希望找到调控PTEN二聚化及膜定位的机制，进而研究出恢复PTEN活性的方式。

文章大致思路：

• 作者对PTEN进行共免疫沉淀，找到一个与PTEN直接物理互作的蛋白WWP1（E3泛素连接酶）
• 证明WWP1引起PTEN聚泛素化，从而抑制PTEN的二聚化和膜定位，使其不能发挥抑癌作用
• 发现并验证MYC-WWP1-PTEN调控信号链
• 通过结构模拟和生化分析得到一个WWP1的潜在抑制剂IC3（来源于十字花科蔬菜）
  
  

guoxuan

你好，我参考了您发的链接，遇到了点问题。我在跑下面这个代码时发生了error。
dds <- DESeqDataSetFromMatrix(countData = exprSet,
                             colData = colData,
                             design = ~ group_list)
报错为：
Error in DESeqDataSet(se, design = design, ignoreRank) :
  all variables in design formula must be columns in colData
不止你是否遇到过相似的问题，能否帮忙看一下问题出现在哪里？
谢谢了