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[mRNA-seq] cufflink输出fpkm值问题

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发表于 2019-8-2 10:19:24 | 显示全部楼层 |阅读模式
用hisat2得到bam文件后经过samtools排序之后,用cufflinks得出转录本基因数据genes.fpkm_tracking.gtf,下面是cufflinks所用代码:
[Shell] 纯文本查看 复制代码
cufflinks -p 10 -G /share/Public/release20190708.gff3 -o /share/Public//bam_assemble_transcripts/s1.bam_assemble_transcripts /share/Public/reference_index/bam.out/s1.bam

点开后查看fpkm值,如下图
QQ图片20190802100823.png
想请问大家 同一条序列为什么会出来两个fpkm值? 选取的话要选哪一个?




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发表于 2019-8-13 06:02:28 | 显示全部楼层

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放弃FPKM值把
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发表于 2019-10-10 08:42:40 | 显示全部楼层
为何不使用featurecount或htseq-cout,我没用过cufflink,但是前两个着实好用,都是办一样的事,另外建议使用TPM值
苛求远离完美
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 楼主| 发表于 2019-10-10 14:42:59 | 显示全部楼层
惠真-市二医院 发表于 2019-10-10 08:42
为何不使用featurecount或htseq-cout,我没用过cufflink,但是前两个着实好用,都是办一样的事,另外建议使 ...

好的 谢谢
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发表于 2019-10-31 12:59:56 | 显示全部楼层
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