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[mRNA-seq] 基因芯片数据如何进行分析?

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发表于 2019-8-26 17:32:18 | 显示全部楼层 |阅读模式
比如GSE38959,Experiment type是Expression profiling by array,没有sra文件,应该下载什么文件,怎么进行转录组分析。



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发表于 2019-8-30 23:50:25 | 显示全部楼层
你知道mRNA-SEQ 和芯片 array的区别吗?   去GEO 简单看了一下这个数据集,这个数据集是安捷伦的芯片,分析这个芯片有两种思路。一是直接下载RAW data 数据 使用安捷伦官方的gene spring等商业化软件流程化分析。二是下载表达普矩阵,是否需要矫正批次效应标准化等处理,然后使用limma包分析,R语言从原始数据分析小部分安捷伦芯片是可行的,但是一般都直接下载表达矩阵分析。。
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