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[mRNA-seq] 请问大家非模式生物如何进行基因功能注释

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发表于 2019-9-18 21:36:58 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 meizi 于 2019-9-18 21:40 编辑

请问一下大家非模式生物要如何进行基因功能注释,我做的物种在DAVID上没法进行功能注释,在NCBI上下载的gff注释文件只有基因结构信息,没有基因功能信息;利用“AnnotationHub”工具包找到了注释信息,但是不知道要怎么注释,想请问一下大家是怎么注释的?在网上查看了一些别人的注释代码是这样的:(https://www.jianshu.com/p/47b5ea646932
erich.go.BP = enrichGO(gene = DEG.entrez_id,
                       OrgDb = org.Hs.eg.db,
                       keyType = "ENTREZID",
                       ont = "BP",
                       pvalueCutoff = 0.5,
                       qvalueCutoff = 0.5)

##分析完成后,作图
dotplot(erich.go.BP)
但是我运行的时候总是出错,因为在这条代码前在前面没有给gene赋值,因此我没有理解"gene"和“DEG.entrez_id”代表什么。



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发表于 4 天前 | 显示全部楼层
这个好搞,culsterprofiler不一定非要AnnotationHub包内物种注释信息,另外可以使用AnnotationForge自主构建给类型注释信息。还有,还可使用topGO包来做功能注释,这个包只需要基因和GO terms对应关系就好,当然有很多啊,方便着呢
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发表于 4 天前 | 显示全部楼层
uniprot注释后,使用这个查对应go terms:idmapping_selected.tab.gz
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发表于 前天 13:17 | 显示全部楼层
惠真-市二医院 发表于 2019-10-10 09:17
uniprot注释后,使用这个查对应go terms:idmapping_selected.tab.gz

如果ncbi有现成组装好的和预测好的蛋白,直接去idmapping_selected.tab.gz里面搜,就可以获得对应GO关系
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