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[mRNA-seq] WGCNA模块太多怎么办?

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发表于 2019-10-11 22:31:53 | 显示全部楼层 |阅读模式
WGCNA分析中(原始数据61000多个基因,处理掉7000多个缺失基因,最后保留53000多基因进行下一步分析),我在用一步法网络构建时模块太多:
1)第一次分析,按照默认参数分析的结果有96个模块
2)第二次分析,调整了参数,mergeCutHeight = 0.5,分析出的模块依然有71个,还是很多,代码如下[mw_shl_code=applescript,true]net = blockwiseModules(datExpr, power = 6, maxBlockSize = 6000,
                       TOMType = "unsigned", minModuleSize = 30,
                       reassignThreshold = 0, mergeCutHeight = 0.5,
                       numericLabels = TRUE, pamRespectsDendro = FALSE,
                       saveTOMs = TRUE,
                       saveTOMFileBase = "AS-green-FPKM-TOM",
                       verbose = 3)[/mw_shl_code]

我不敢再继续调整mergeCutHeight的数值了,怕结果不可信,现在我该解决这个问题?



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发表于 2019-10-14 11:39:32 | 显示全部楼层
有必要用那么多基因吗。
过滤下不行吗 按表达量 差异  变异系数等
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