精心整理（含图版）|你要的全拿走！（R数据分析，可视化...

西游东行 · 发表于 2019-11-12 10:51:35

本文首发于“生信补给站”公众号，https://mp.weixin.qq.com/s/ZEjaxDifNATeV8fO4krOIQ更多关于R语言，ggplot2绘图，生信分析的内容，敬请关注小号。

为了能更方便的查看，检索，对文章进行了精心的整理。建议收藏，各取所需，当前没用也许以后就用到了呢！

一 R资料+计划

R语言精品资料年中无套路赠送

R-plotly|交互式甘特图（Gantt chart）-项目管理/学习计划

二 Bioinfo

R|fastqcr QC数据处理：测序结果的数据质控及图标展示；

Bioinfo|bedtools-操作VCF文件 VCF文件的常见合并，过滤等操作；

R|生存分析（1）：生存分析介绍以及R实现，KM绘图；

R|生存分析-结果整理：一键式输出所有变量的COX结果；

R|timeROC-分析：时间依赖的生存分析；

Nomogram（诺莫图） | Logistic、Cox生存分析结果可视化

Forest plot（森林图） | Cox生存分析可视化

R-forestplot包| HR结果绘制森林图

maftools|TCGA肿瘤突变数据的汇总，分析和可视化

maftools | 从头开始绘制发表级oncoplot（瀑布图）

ggalluvial|炫酷桑基图（Sankey），你也可以秀

pheatmap|暴雨暂歇，“热图”来袭！！！

ggplot2-plotly|让你的火山图“活”过来

R|clusterProfiler-富集分析

三 base + ggplot2

ggplot2|theme主题设置，详解绘图优化-“精雕细琢”

ggplot2 |legend参数设置，图形精雕细琢

绘图系列|R-wordcloud2包绘制词云

绘图系列|R-VennDiagram包绘制韦恩图

ggplot2|发散性“正负”图

R|UpSet-集合可视化

ggplot2|ggpubr进行“paper”组图合并

ggplot2|扩展包从0开始绘制雷达图

R|plotly

四数据分析

R|批量循环处理同一格式文件-csv,txt,excel

小数据| 描述性统计（Python/R 实现）

五其他

1，年中定一个小计划，三个系列继续随着学习更新；

2，Python 数据处理和生信应用示例系列；

3，机器学习基础算法应用生信分析实例（R & Python）；

目标不变，希望能比较持续，系统的学习，输出带动输入！

对了，部分文末有代码或者数据的获取方式，看到后按提示回复即可！

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