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[network-analysis] WGCNA问题求指导

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发表于 2019-12-17 22:24:11 | 显示全部楼层 |阅读模式
R小白,跟着流程学WGCNA,在一个地方卡住一直无法解决!求救!
https://blog.csdn.net/qazplm12_3/article/details/80001327
跟着这个帖子学WGCNA 样品比较少8个样品,比较组组A组5个B组3个。无表型数据
> load(net$TOMFiles[1], verbose=T)
Loading objects:
  TOM
> TOM <- as.matrix(TOM)
> TOM[1:4,1:4]
            1          2           3           4
1 0.000000000 0.17213194 0.008410333 0.138254829
2 0.172131935 0.00000000 0.012847520 0.071286006
3 0.008410333 0.01284752 0.000000000 0.006169962
4 0.138254829 0.07128601 0.006169962 0.000000000
> dissTOM = 1-TOM
> plotTOM = dissTOM^7
> diag(plotTOM) = NA
> moduleColors = labels2colors(moduleLabels)
> TOMplot(plotTOM, net$dendrograms, moduleColors,
+         main = "Network heatmap plot, all genes")
Error in TOMplot(plotTOM, net$dendrograms, moduleColors, main = "Network heatmap plot, all genes") :
ERROR: number of color labels does not equal number of nodes in dissim.
      nNodes != dim(dissim)[[1]]
> nSelect = 400
> set.seed(10)
> select = sample(nGenes, size = nSelect)
> selectTOM = dissTOM[select, select]
Error in dissTOM[select, select] : subscript out of bounds

学到“可视化基因网络 (TOM plot)”
出现上述问题。选择全基因报错,选随机400个基因时报错“Error in dissTOM[select, select] : subscript out of bounds
求指导

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