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plink做GWAS分析时,为何显性模型和隐性模型差异如此大?

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发表于 2019-12-18 16:58:34 | 显示全部楼层 |阅读模式
大家好,最近在用Plink分析630个人群样本的SNP芯片数据,我用的都是线性回归模型,且协变量、表型都一样,只改变使用加性模型、显性模型和隐性模型来做关联分析,shell代码如下:
[Bash shell] 纯文本查看 复制代码
########### PLINK  dominant model   #############
${plinkdir}/plink --bfile  ${dir1}/1.plink/adj_linear_Y3_637 \
--noweb --allow-no-sex --linear --dominant \
--ci 0.95 --r2 --ld-window-r2 0 --ld-window-kb 3000 --freq \
--covar ${dir1}/3.pca/sample_637.eigenvec 'keep-pheno-on-missing-cov' \
--covar-number 1-3 \
--out ${dir1}/4.gwas/dominant_model/adj_linear_Y3_637_dom

########### PLINK  recessive model  #############
${plinkdir}/plink --bfile  ${dir1}/1.plink/adj_linear_Y3_637 \
--noweb --allow-no-sex --linear --recessive \
--ci 0.95 --r2 --ld-window-r2 0 --ld-window-kb 3000 --freq \
--covar ${dir1}/3.pca/sample_637.eigenvec 'keep-pheno-on-missing-cov' \
--covar-number 1-3 \
--out ${dir1}/4.gwas/recessive_model/adj_linear_Y3_637_rec



结果显示在加性模型中,显著性最大的位点P值只有3E-8
SharedScreenshot1.jpg
但是在隐性模型中,显著性最大的位点P值却达到了1E-13
SharedScreenshot2.jpg
为何不同模型差异会这么大,有没有人能告知?不甚感激!!


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发表于 2019-12-19 16:32:26 | 显示全部楼层
能请问一下你是用什么在运行plink的吗?我现在只有Ubuntu和R,谢谢,这个全基因快把我弄疯 了。
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