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[mRNA-seq] 想做差异分析,但是TCGA中下载的表达数据没有正常样本怎....

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发表于 2020-1-8 22:54:48 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 小风筝 于 2020-1-8 22:56 编辑

各位大神,请问在大家有没有遇到过TCGA中下载的数据没有正常样本的情况啊?
我想做差异分析,对基因做一些筛选,但是在GDC官网下载的TCGA-OV和TCGA-UCS数据中发现全都是01肿瘤数据,没有11正常样本。我检查TCGA中设定的筛选条件的时候发现,在Sample Type这一块,是有6个正常样本的,如下图: 微信截图_20200108224705.png

他们的编号依然是01肿瘤样本的( metadata对应的样本名字为"TCGA-N6-A4VF-01A-31R-A28V-07","TCGA-N6-A4VC-01A-11R-A28V-07","TCGA-N9-A4PZ-01A-22R-A28V-07", "TCGA-N6-A4VD-01A-11R-A28V-07",不过在metadata中少了一个TCGA-N9-A4Q8,我也不太清楚),OV数据中也是这种情况。我点开这些样本查看,如下图:
微信截图_20200108225027.png

我对这个现象感到有些纳闷,我该如何获得这个正常样本数据,希望各位大神指点一二,感谢~

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发表于 2020-4-14 01:20:15 | 显示全部楼层
有些肿瘤的正常样本,本来就很难得,没有也很正常,单独肿瘤样本可以比较不同分期,不同亚型等等差异。另外你可以使用的TCGA肿瘤组织  联合GTEX数据库的正常组织的表达,计算癌和正常组织的表达差异。
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 楼主| 发表于 2020-5-13 07:34:59 | 显示全部楼层
渊梦无痕 发表于 2020-4-14 01:20
有些肿瘤的正常样本,本来就很难得,没有也很正常,单独肿瘤样本可以比较不同分期,不同亚型等等差异。另外 ...

嗯嗯,好的,谢谢你,我后来也是看到有人说可以用GTEX作参考。
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