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[expression-profile] lumi包处理non-normalized data时出现下标出界怎么解决

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发表于 2020-1-11 23:23:33 | 显示全部楼层 |阅读模式
1 rm(list=ls())
2 library(lumi)
3 setwd('D:/GEO datasets/GSE84756_non-nonmalized_human.txt')
5 fileName <- 'GSE84756_non-normalized_human.txt'
6 x.lumi <- lumiR.batch(fileName)
7 pData(phenoData(x.lumi))
8 lumi.N.Q <- lumiExpresso(x.lumi)
9 dataMatrix <- exprs(lumi.N.Q)

rm(list=ls())> library(lumi)> setwd('D://GEO datasets/GSE84756_non-nonmalized_human.txt')Error in setwd("D://GEO datasets/GSE84756_non-nonmalized_human.txt") :   无法改变工作目录> setwd('D:/GEO datasets/GSE84756_non-nonmalized_human.txt')Error in setwd("D:/GEO datasets/GSE84756_non-nonmalized_human.txt") :   无法改变工作目录> setwd("D:/GEO datasets/GSE84756_non-normalized_human.txt")> fileName <- 'GSE84756_non-normalized_human.txt'> x.lumi <- lumiR.batch(fileName)Inputting the data ...Error in gregexpr("\t", dataLine1)[[1]] : 下标出界

用lumi包处理GEO下载的non-normalized data,想得到dataMatrix和DEG,执行到第5行时提示下标出界 ...

用lumi包处理GEO下载的non-normalized data,想得到dataMatrix和DEG,执行到第5行时提示下标出界 ...
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发表于 6 天前 | 显示全部楼层
我也初学,不知你有没有解决,但发现你的报错原因在这,setwd('D:/GEO datasets/'),设置工作目录应该是个目录而不是文件
欢迎交流!
https://github.com/zd200572/
https://jiawen.zd200572.com
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