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[variation-calling] 其他物种(酵母)的snp流程求鉴定

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发表于 2020-1-13 16:19:12 | 显示全部楼层 |阅读模式
我是生信小白,求助各位大神为啥网上搜不到其他物种的snp标准化流程呢……(是因为其他物种不重要么 T T)
参考了用于人类的snp calling流程,我对裂殖酵母(s. pombe)全基因组测序进行了如下处理:
bwa mem比对,samtools排序转化格式、去除重复。然后用gatk的HaplotypeCaller -ploidy 1得到vcf文件。
然后用ensembl vep选择酿酒酵母(找不到裂殖酵母啊T T)来简单注释基因。
想知道这样的流程可以吗?(前面的命令基本都是默认参数)
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