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snp芯片intensity数据可以用combat去批次效应吗

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发表于 2020-2-6 16:52:46 | 显示全部楼层 |阅读模式
对于高通量数据相关分析不是很明白,想要去批次效应,但是网上搜了一圈都是讲表达芯片的,想请问一下,用在表达芯片数据上的去批次效应的R包能用在snp芯片数据上吗?如果不行,有什么方法可以做到?万分感谢!!!
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发表于 2020-3-6 15:25:09 | 显示全部楼层
snp芯片数据也有批次效应吗?
这个有点小众,你可能需自己看综述哦
你这个问题很复杂,需要打赏,请点击 http://www.bio-info-trainee.com/donate 进行打赏,谢谢
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发表于 2020-3-28 11:14:58 | 显示全部楼层
有批次效應。沒辦法用 combat 去除,我們的方式是去除不同批次間達到統計顯著的 SNP。若要從原始訊號層面去除,廠商有提供一些方法,這就要跟供應商聯絡
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