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[other] 求教,如何根据内在的stop codon对转录本进行分组

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发表于 2020-2-28 01:45:49 | 显示全部楼层 |阅读模式
各位,小弟在做ribosomal profiling,实验设计是用识别不同stop codon的suppressor tRNA 诱导翻译在终止密码子处的通读(read through)。

有一个问题是,要统计每种suppressor tRNA对不同stop codon的特异性,举个例子,我用携带了Gln并且识别UAA这个stop codon的suppressor tRNA,要统计这种suppressor tRNA对于三种不同的stop codon(TAA, TAG, TGA)的特异性,是否对于TAG和TGA也能诱导read through。

小弟不知道该如何将转录本按照stop codon进行分组,分组之后用于将测序后的片段map,这样就同时把测序后得到的reads也分组了,然后统计reads count在各自分组中转录本 3' UTR,应该就能做统计分析了。

不知道上述的流程是否正确,并且也不知道该如何去做,是否有包可以做这种分组。

十分感谢



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