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[mRNA-seq] 求助,RNA-seq FastQC之后duplication高于5000+,多高去除合适?

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发表于 2020-3-14 19:10:12 | 显示全部楼层 |阅读模式
你好,问一个问题,我拿到一批RNA-Seq数据,FastQC之后duplicated的sequence 很高5000+,之后看Overrepresented sequences 发现是RNA-cDNA逆转录的primer和illumia建库的primer,我想通过contaminant去除但序列太多,adpator切除有些难度,所以我想通过prinseq去除duplication来实现,不知道可不可以?谢谢!


duplication level

duplication level

overrepresented sequences

overrepresented sequences



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 楼主| 发表于 2020-3-16 15:07:44 | 显示全部楼层
已经通过fastp解决,自定义adaptor,用起来非常好!去掉之后整个结果非常好
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