搜索
查看: 509|回复: 1

[expression-profile] limma edgeR Deseq2 三种方法分析出来的差异基因上下调关系不...

[复制链接]

1

主题

1

帖子

25

积分

新手上路

Rank: 1

积分
25
发表于 2020-3-20 10:48:26 | 显示全部楼层 |阅读模式
我使用limma edgeR Deseq2 针对TCGA中甲状腺癌数据进行了分析,在将三种方法得到的数据取交集的时候,发现在limma中下调的基因,在Deseq2中是上调的,这种情况是为什么?这个表格可以明显看出上下调基因交集与总差异基因交集数量不相等

  
mRNA
  
limma
edgeR
Deseq2
交集基因数量
差异基因
2905
3064
3113
2088
上调差异基因
1129
1910
1823
1080
下调差异基因
1776
1154
1290
1005


回复

使用道具 举报

4

主题

54

帖子

828

积分

高级会员

Rank: 4

积分
828
发表于 2020-4-13 14:22:56 | 显示全部楼层
本身算法就不一样,结果肯定不一致,可以考虑去交集后结果去验证,提高阳性率。
回复 支持 反对

使用道具 举报

您需要登录后才可以回帖 登录 | 立即注册

本版积分规则

QQ|手机版|小黑屋|生信技能树 ( 粤ICP备15016384号  

GMT+8, 2020-5-30 18:42 , Processed in 0.029398 second(s), 22 queries .

Powered by Discuz! X3.2

© 2001-2013 Comsenz Inc.