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[expression-profile] FPKM转TPM错误求解

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发表于 2020-4-8 21:48:58 | 显示全部楼层 |阅读模式
得到表达矩阵后想按照在菜鸟团看到的方法转TPM但是只有前两组出来了请问是为什么
expMatrix <- c
> fpkmToTpm <- function(fpkm)
+ {
+   exp(log(fpkm) - log(sum(fpkm)) + log(1e6))
+ }
> tpms <- apply(expMatrix,2,fpkmToTpm)
> head(tpms)
         Mock1      Mock2 HSV1 HSV2
[1,]  49.19097   42.00784   NA   NA
[2,]  21.70483   17.12692   NA   NA
[3,] 163.96888  168.45218   NA   NA
[4,] 134.48258  138.50261   NA   NA
[5,]  45.25594   56.73856   NA   NA
[6,] 652.18291 1006.44888   NA   NA
> head(c)
    Mock1   Mock2    HSV1     HSV2
1  31.652  29.347  39.065   39.825
2  13.966  11.965   8.447   11.478
3 105.506 117.682  92.657  125.995
4  86.533  96.759  89.241  113.831
5  29.120  39.638  43.715   50.137
6 419.648 703.113 689.118 1048.296
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发表于 2020-4-16 16:29:25 | 显示全部楼层
你得把你的数据传上来
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发表于 2020-4-24 20:13:53 | 显示全部楼层
emmm……我有个小问题,你确定你的表达矩阵里面都是numeric吗?(我也不知道是不是因为这样)
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