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如何计算肿瘤突变负荷TMB

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发表于 2020-4-9 10:58:25 | 显示全部楼层 |阅读模式
各位老师好,我下载了体细胞突变数据,maf文件,也得到了VAF值,但不知道如何计算肿瘤突变负荷(TMB),请问R中如何计算TMB,谢谢。
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发表于 2020-4-14 01:12:00 | 显示全部楼层
TCGA中的MAF  有一列 variants.per.sample  用这个数据除以35或者38 或者40,得到就是TMB值。也可以自己根据MAF文件,计算每个样本的variants的数量。
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发表于 2020-9-14 18:42:39 | 显示全部楼层
渊梦无痕 发表于 2020-4-14 01:12
TCGA中的MAF  有一列 variants.per.sample  用这个数据除以35或者38 或者40,得到就是TMB值。也可以自己根 ...

请教一下老师,对于TCGA下载的maf文件,怎么计算non-synonymous TMB,以及包含synonymous mutation的TMB?
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