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[其他] 一些关于画图的问题

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发表于 2020-4-17 00:53:35 | 显示全部楼层 |阅读模式
最近在看一些chip的文章,然后看到这种图片。首先想知道
1587054419(1).jpg
图一这种把正负链分开画图是用什么(R包?)做到的?是否是在比对完之后通过命令
samtoolsview -F 20 > forward strand
samtoolsview -f 0x10 > reverse strand
区分正负链信息?;
其次,关于之后的motif分析,图二三这种
1587055031(1).jpg 1587054359(1).jpg
选取top 200 motif  with the highest read counts ,以motif为中心画图。然后我在GitHub上找到作者给图二的coordinate file如图四
1587054712(1).jpg
想知道这种坐标文件是怎么来的?

之前也看了一些技能树分享的chip实战。我目前能力也就只能做到HOMER或者MEME找motif了,对于上述的motif分析毫无头绪,比如如何确定这个consensus motif和其坐标的?
因为在原文中并未找到该方法的具体实现步骤。所以希望各位大佬能不吝指教,或者能指点一下方向,感谢!
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发表于 2020-4-17 20:14:01 | 显示全部楼层
楼主好,我也在做表观组,可否加个好友交流下?
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 楼主| 发表于 2020-4-18 13:34:45 | 显示全部楼层
辰辰 发表于 2020-4-17 20:14
楼主好,我也在做表观组,可否加个好友交流下?

当然可以,只不过这个东向我也是刚开始学习,很多地方不是很懂
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