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[expression-profile] 遇到arguments must have same length

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发表于 2020-4-24 16:29:28 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 huyibo124 于 2020-4-24 23:58 编辑

[size=13.8667px]请教下大神,我用[size=13.8667px]R-studio[size=13.8667px]给GEO数据做探针注释时,读取和加载的GPL14550矩阵都是正常的,预览也没问题,但是运行到[size=13.8667px]tmp = by(exprSet,         ids$symbol,         function(x) rownames(x)[which.max(rowMeans(x))])[size=13.8667px]
[size=13.8667px]这里就出出错,提示ids$symbol的arguments must have same length,请问下这个是探针注释文件本身的问题么?卡在这里两天了。。。注释文件是NCBI官网下的txt,提取的ids的矩阵显示也是正常的。[size=13.8667px]
微信图片_20200424162542.png [size=13.8667px]
[size=13.8667px]代码:[size=13.8667px]
[size=13.8667px]
[size=13.8667px]table2 <- read.table(file = 'GPL14550-H.txt', [size=13.8667px]header = T)
[size=13.8667px]View(table2)
[size=13.8667px]ids <- table2[,c(1,2)]
[size=13.8667px]View(ids)
[size=13.8667px]length(unique(ids$symbol))
[size=13.8667px]tail(sort(table(ids$symbol)))
[size=13.8667px]table(sort(table(ids$symbol)))
[size=13.8667px]plot(table(sort(table(ids$symbol))))
[size=13.8667px]table(rownames(exprSet) %in% ids$probe_id)
[size=13.8667px]exprSet = exprSet[rownames(exprSet) %in% ids$probe_id,]#初次筛选芯片
[size=13.8667px]head(ids)
[size=13.8667px]head(exprSet)## 数据筛选
[size=13.8667px]tmp = by(exprSet, ids$symbol, function(x) rownames(x)[which.max(rowMeans(x))])
[size=13.8667px]
[size=13.8667px]问题:[size=13.8667px]
> tmp = by(exprSet,+          ids$symbol,+          function(x) rownames(x)[which.max(rowMeans(x))])Error in tapply(seq_len(0L), list(`ids$symbol` = c(21068L, 21005L, 20971L,  :   arguments must have same length

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