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[mRNA-seq] fpkm数据集转成tpm形式后,可以用limma包分析吗?

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发表于 2020-4-24 20:11:11 | 显示全部楼层 |阅读模式
如题。在分析一个GEO数据集(GSE140077)的时候,数据集内只包含了fpkm形式的数据。 fpkm.png

那我可以把fpkm数据转换成tpm的形式,然后再按芯片数据的流程,用limma包分析吗?
另外,该数据集是两个细胞系分开进行差异分析,那我是应该先把数据集转化成tpm形式,标准化,然后再继续按流程分析吗?还是说先分开两个细胞系,然后再转化成tpm形式呢?
麻烦各位大佬解答了!




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