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[other] GATK4过滤reads问题

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新手上路

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发表于 2020-4-24 20:55:21 | 显示全部楼层 |阅读模式
生信新人报道。最近用GATK/4.0软件分析targeted sequencing 数据,在运用samtools对sorted.bam file的reads进行depth分析时,发现每个位点的reads深度都较高。(例如统计chr10上的每个位点的测序深度)

[img]blob:http://www.biotrainee.com/4ce6aa63-a84b-45d1-8c0e-b433ab925817[/img]
[img]blob:http://www.biotrainee.com/9066b22b-e387-4aad-8f17-7ddad042b468[/img]
但当运用GATK/4.0中的mutect2进行somatic variant calling的时候,最后得到的reads深度确非常低。
[img]blob:http://www.biotrainee.com/4642ea5b-823a-4c91-adb3-cfb13042e826[/img]
想请教一下根据GATK4官网流程分析(create panel of normal,GetPileupSummaries,CalculateContamination,FilterMutectCalls,CollectSequencingArtifactMetrics,FilterByOrientationBias),为什么过滤过后的vcf文件中reads深度降低这么多?



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