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[alignment] 求助:HISAT2 Alignment 遇到的问题

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发表于 2020-4-26 11:49:18 | 显示全部楼层 |阅读模式
求助:在运行HISAT2进行Alignment的时候出现了以下报错:(并且生成的SAM文件大小都是0)求明白的同学指点一下,谢谢

Only read 0 bytes (out of 663195875) from reference index file /work/cascades/VCU_psychedelics/RNA_Indexes/grcm38/genome.4.ht2
Error: Encountered internal HISAT2 exception (#1)
Command: /home/zirui/hisat2-2.1.0/hisat2-align-s --wrapper basic-0 -p 16 -x /work/cascades/VCU_psychedelics/RNA_Indexes/grcm38/genome -S /work/cascades/rna-test/Aligned_SAM/SRR6125270_trimmed.sam -U /work/cascades/rna-test/trimmed/SRR6125270_trimmed.fq
(ERR): hisat2-align exited with value 1

奇怪的是,单独在linux的command line 里跑那行Command是有结果的,但是放在Script里就报错,很不解。Index我是下载好并且刚build过的。。。


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