搜索
查看: 141|回复: 0

[tutorial] 关于下载gdc数据

[复制链接]

4

主题

5

帖子

34

积分

新手上路

Rank: 1

积分
34
发表于 2020-5-4 12:17:27 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 Minorautistic 于 2020-5-4 12:19 编辑

大家好,小弟我最近在学习TCGA数据下载,基本掌握了大半,但是gdc的数据管理方式还是有些令人迷惑。问题如下:
1. 在一个project中,(以jimmy老师的视频《[color=var(--ytd-video-primary-info-renderer-title-color, var(--yt-spec-text-primary))]TCGA 306 使用GDC和firehose下载TCGA的胃癌的甲基化信息数据》为例),methylation和clinical都会有一个cases数据,(图2。我仔细看了一下,这两个cases数据应该是相同的)但是这个数据的作用又是什么呢?
2. clinical的file数据应该就是后面数据处理需要用到的临床信息了吧?methylation的file数据应该就是甲基化水平的定量数据了, 那么case当中的数据又是干什么的呢?
3. 在下载数据时,为何json和tsv两种数据都要下载?还是说只要一种就好了?
4. 在下载methylation的cases数据时,(图1)我们看到有分开的json和tsv文件,在他俩旁边的Clinical下拉菜单中还有另外的json和tsv文件,我到底应该下载哪些啊?
Screen Shot 2020-05-03 at 11.04.50 PM.png
Screen Shot 2020-05-03 at 10.56.21 PM.png
回复

使用道具 举报

您需要登录后才可以回帖 登录 | 立即注册

本版积分规则

QQ|手机版|小黑屋|生信技能树 ( 粤ICP备15016384号  

GMT+8, 2020-6-6 08:53 , Processed in 0.038214 second(s), 26 queries .

Powered by Discuz! X3.2

© 2001-2013 Comsenz Inc.