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[function-annotation] clusterProfiler包背景基因的问题

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发表于 2020-5-12 18:20:05 | 显示全部楼层 |阅读模式
      最近有个问题困扰小弟许久,请懂滴大虾指点一二,谢谢。

     关于clusterProfiler包做GO及KEGG富集分析时,背景基因是如何取的呢?比如说做WGCNA某个模块的GO富集分析,背景基因是该种属(eg. human)的所有基因,还是说所有模块总的基因呢?又比如说做DEG的GO富集分析,背景基因是该种属(eg. human)的所有基因,还是说经过芯片探针经过ID转换后保留的基因呢?

      如有懂滴大虾,还请不吝赐教,谢谢。
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