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[position-annotation] TxDb or chipseeker_ getTagMatrix 出现错误

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发表于 2020-5-16 16:35:39 | 显示全部楼层 |阅读模式
请教大家,我在R里多peaks 注释的时候使用了chipseeker包。
但是当我运行到getTagMatrix时候出现error: Error in getTagMatrix(peak1, windows = promoter) :    width of windows should be equal...
请问这是为什么啊?
其实我的TxDb是我自己用GFF文件转换的,好像是这里出现了错误: 我在Galaxy里试了一下显示如下错误信息:请问到底是哪里的错呢?要如何修正呢?
Import genomic features from the file as a GRanges object ... OKPrepare the 'metadata' data frame ... OKMake the TxDb object ... Error: subscript contains NAsWarning message:In .get_cds_IDX(type, phase) :  The "phase" metadata column contains non-NA values for features of type  stop_codon. This information was ignored.
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