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[CHIP-seq] Chip-seq第一次建模峰图奇怪,求助

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发表于 2020-9-19 10:45:27 | 显示全部楼层 |阅读模式
小白一枚,在根据网上的教程使用galaxy对ENCODE上的数据进行分析时,使用MACS2工具进行建模分析d值的时候,发现峰图很奇怪,这个数据应该问题不大,我怀疑是我操作的问题,不知道是什么原因,求指点

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发表于 2020-10-6 12:22:00 | 显示全部楼层
你需要把全部流程简要描述一下啊。我怀疑应该是参考基因组不匹配的问题
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发表于 2020-10-13 10:24:15 | 显示全部楼层
MACS2在callpeak的时候,会先随机采样1000个高质量的peaks,将其分为正负链的reads,并按其 中心之间的中点对齐它们。MACS2将正负链的两个峰之间的距离定义为‘d’。 随后,MACS2将所有reads向3' 移动d/2的距离,将他们移动至最可能的peak region。


你放的这个图就是MACS2 callpeak时候建模预测 ‘d’的结果,我觉得只要正负链tag是左右对称的就应该是没问题的。可以参考一下哈佛他们做的一个ChIP-seq的教程https://hbctraining.github.io/In ... k_calling_macs.html

他们做出来的peakmodel也是如此

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