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bwa mem 对比老失败怎么办

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发表于 2020-9-29 15:48:50 | 显示全部楼层 |阅读模式
我是重测序双端数据,pair-end 用bwa mem,但是对比出来fr ff rr rf 经常只有一个有,其他的都显示没有足够的碱基
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 楼主| 发表于 2020-9-29 18:27:06 | 显示全部楼层
哪位大佬。。。给讲讲,我用的fastq双端测序数据
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发表于 2020-10-6 12:19:51 | 显示全部楼层
你用的fastq双端测序数据,截图看看呗,理论上重测序双端数据,pair-end 用bwa mem是不可能报错的额
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 楼主| 发表于 2020-10-12 18:40:17 | 显示全部楼层
bioinfotrainee 发表于 2020-10-6 12:19
你用的fastq双端测序数据,截图看看呗,理论上重测序双端数据,pair-end 用bwa mem是不可能报错的额 ...

candidate unique pairs for (FF, FR, RF, RR): (14, 345319, 44, 13)
[M::mem_pestat] analyzing insert size distribution for orientation FF...
[M::mem_pestat] (25, 50, 75) percentile: (218, 886, 2669)
[M::mem_pestat] low and high boundaries for computing mean and std.dev: (1, 7571)
[M::mem_pestat] mean and std.dev: (1728.14, 1866.60)
[M::mem_pestat] low and high boundaries for proper pairs: (1, 10022)
[M::mem_pestat] analyzing insert size distribution for orientation FR...
[M::mem_pestat] (25, 50, 75) percentile: (312, 355, 400)
[M::mem_pestat] low and high boundaries for computing mean and std.dev: (136, 576)
[M::mem_pestat] mean and std.dev: (355.84, 67.67)
[M::mem_pestat] low and high boundaries for proper pairs: (48, 664)
[M::mem_pestat] analyzing insert size distribution for orientation RF...
[M::mem_pestat] (25, 50, 75) percentile: (151, 460, 1538)
[M::mem_pestat] low and high boundaries for computing mean and std.dev: (1, 4312)
[M::mem_pestat] mean and std.dev: (679.87, 768.58)
[M::mem_pestat] low and high boundaries for proper pairs: (1, 5699)
[M::mem_pestat] analyzing insert size distribution for orientation RR...
[M::mem_pestat] (25, 50, 75) percentile: (354, 489, 2573)
[M::mem_pestat] low and high boundaries for computing mean and std.dev: (1, 7011)
[M::mem_pestat] mean and std.dev: (1287.46, 1675.00)
[M::mem_pestat] low and high boundaries for proper pairs: (1, 9230)
[M::mem_pestat] skip orientation FF
[M::mem_pestat] skip orientation RF
[M::mem_pestat] skip orientation RR
四个方向只有一个成功
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