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[expression-profile] 关于GEO芯片探针注释:GPL平台无信息

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发表于 2020-12-12 15:15:51 | 显示全部楼层 |阅读模式
你好,最近在处理GSE141027芯片时,遇到芯片探针无法注释的问题。该芯片所在平台GPL16791未提供探针信息,请问这种情况下如何获取并进行探针转换?非常感谢各位朋友的帮助!尝试了多种办法,使用jimmy的idmap1、2、3以及AnnoProbe R包都无法查到该芯片平台。
然后直接下载GEO中family.soft数据,采用如图代码,得到的id_probe为0。

求助,生信小白一枚
QQ图片20201212150931.png
QQ图片20201212151328.png
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发表于 2020-12-13 01:01:56 | 显示全部楼层
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE79586
这个serial里面有平台德soft文件,可以下载
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发表于 2020-12-13 01:08:43 | 显示全部楼层

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE79586
这个serial里面有平台的soft文件,可以下载.

也可以试试下面这个
library(GEOmetadb)
s = getSQLiteFile()
con = dbConnect(SQLite(),s)
res = dbGetQuery(con,"select gsm,title,gpl from gsm where gpl='GPL16791'")
dim(res)
head(res)
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发表于 2020-12-13 01:23:36 | 显示全部楼层
实在不行的话,
这里有所有的注释文件。人类的是18个g
https://support.illumina.com/seq ... ftware/igenome.html
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