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使用phylip对SNP构建进化树时如何设置外群?

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发表于 2020-12-31 17:55:36 | 显示全部楼层 |阅读模式
各位大神,

     使用phylip构建进化树时,如何引入外群呢?是直接添加外群的SNP文件还是其它信息?
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发表于 2021-3-1 14:37:29 | 显示全部楼层
是把外群与研究类群合在一起进行snp检测,用于后续进行构建系统发育树等分析,这样对吗?
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发表于 2021-6-1 12:09:40 | 显示全部楼层
对的,因为SNP位点的等为位点的概念,所以,想要增加外类群只能吧外类群和目标类群一起做snp-calling,然后在建树的时候指定
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发表于 2021-8-7 23:48:12 | 显示全部楼层
公子不要脸 发表于 2021-6-1 12:09
对的,因为SNP位点的等为位点的概念,所以,想要增加外类群只能吧外类群和目标类群一起做snp-calling,然后 ...

你好,我没太明白是什么意思。例如我研究的物种时A,我想用B物种做外群,是将B物种的reads也比对到A物种的参考基因组上,找snp,然后构建进化树吗?谢谢
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