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[alignment] 求助解答关于STAR比对的参数设置问题

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发表于 2021-1-17 16:56:34 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 Rhyme66 于 2021-1-17 16:57 编辑

求助关于STAR的几个参数设置问题:
--alignSJoverhangMin 5(default)
--Help注释:int>0: minimum overhang (i.e. block size) for spliced alignments

--alignSJDBoverhangMin 3(default)
--Help注释:int>0: minimum overhang (i.e. block size) for annotated (sjdb) spliced alignments

--alignSJstitchMismatchNmax 0 -1 0 0(default)
--Help注释: 4*int>=0:maximum number of mismatches for stitching of the splice junctions (-1: nolimit).
(1) non-canonical motifs, (2) GT/AG andCT/AC motif, (3) GC/AG and CT/GC motif, (4) AT/AC and GT/AT motif.

不太清楚spliced junctions alignments涉及到的minimum overhang以及mismatchesfor stitching of the splice junctions是什么含义,有清楚的大佬可以解答一下吗?关于这三个参数的意义,修改或提高默认设置值会对map的结果造成什么影响?谢谢!!!!!

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