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小白求助为什么有些RNAseq的数据上传了SRA却没有没有GEO

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发表于 2021-1-21 11:42:05 | 显示全部楼层 |阅读模式
SRA只有原始数据吗,如果我单纯是想看RNAseq的表达矩阵怎么弄
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发表于 2021-1-26 22:55:55 | 显示全部楼层
RNAseq的数据上传了SRA却没有没有GEO,有例子吗?理论上有sra就有fasstq文件,就可以定量自己拿到表达矩阵
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 楼主| 发表于 2021-1-29 17:26:48 | 显示全部楼层
bioinfotrainee 发表于 2021-1-26 22:55
RNAseq的数据上传了SRA却没有没有GEO,有例子吗?理论上有sra就有fasstq文件,就可以定量自己拿到表达矩阵 ...

我的理解是,由GEO能找到对应的SRA数据,但SRA数据里没法找到对应的GEO吧,比如下面这篇文章Distinct CRC-associated Apc mutations dictate response to Tankyrase inhibition 文末只给了SRA的accession numberPRJNA524289链接 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/?term=PRJNA524289 但我怎么也没找到对应的GEO数据,算了还是老老实实从原始数据开始看吧
ps 几天没看,以为我的问题要淹没了,没人会回复了,一回来就看到被Jimmy大神pick了,怎么还有点小兴奋呢
屏幕截图 2021-01-29 172523.png
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