小白求助为什么有些RNAseq的数据上传了SRA却没有没有GEO

Vimauer

SRA只有原始数据吗，如果我单纯是想看RNAseq的表达矩阵怎么弄

bioinfotrainee

RNAseq的数据上传了SRA却没有没有GEO，有例子吗？理论上有sra就有fasstq文件，就可以定量自己拿到表达矩阵

Vimauer

bioinfotrainee 发表于 2021-1-26 22:55
RNAseq的数据上传了SRA却没有没有GEO，有例子吗？理论上有sra就有fasstq文件，就可以定量自己拿到表达矩阵 ...

我的理解是，由GEO能找到对应的SRA数据，但SRA数据里没法找到对应的GEO吧，比如下面这篇文章Distinct CRC-associated Apc mutations dictate response to Tankyrase inhibition 文末只给了SRA的accession numberPRJNA524289链接 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/?term=PRJNA524289 但我怎么也没找到对应的GEO数据，算了还是老老实实从原始数据开始看吧
ps 几天没看，以为我的问题要淹没了，没人会回复了，一回来就看到被Jimmy大神pick了，怎么还有点小兴奋呢