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[mRNA-seq] sra数据库下载 RNAseq原始数据太大下载速度太慢

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发表于 2021-1-31 20:34:40 | 显示全部楼层 |阅读模式
如题 RNAseq数据一个样本就是2、3个G sra-tools或者wget下载的速度都只有200多k,多个样本得下到后年马月啊
大家有没有快速一点的路径下载呢
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wget下载速度

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发表于 2021-10-31 12:03:53 | 显示全部楼层
也可以试试用aspera软件的ascp命令直接下载fq格式会快很多,但运气不好的时候可能会不太稳定,#以下代码参考(DownLoad)Aspera——ascp下载SRA数据 - 知乎 (zhihu.com)


##如果SRR_Acc_List记录的样本编号是类似SRR1016916,即ERR+7位数时,运行以下代码下载数据 #
#cat ~/wk/idname | while read id
#do
#x=$(echo $id | cut -b 1-6)
#y=$(echo $id | cut -b 10-10)
#echo $id
#(ascp  -QT -l 500m -P33001  -k 1 -i \
#~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh \
#era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:vol1/fastq/$x/00$y/$id/   ./ &)
#done


#如果SRR_Acc_List记录的样本编号是类似ERR526291,即ERR+6位数时,运行以下代码下载数据
cat ~/wk/idname  | while read  id
do
x=$(echo $id |cut -b 1-6)               
echo $id   
( ascp  -QT -l 500m -P33001 -k 1 -i \
~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh \
era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:vol1/fastq/$x/$id/   ./ & )
done







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