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[mRNA-seq] 求助,关于 htseq-count 报错

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发表于 2021-4-6 09:56:55 | 显示全部楼层 |阅读模式
我目前在对大肠杆菌的测序结果进行RNA-seq,之前已经用HISAT2做完了序列比对,下一步想使用htseq-count进行reads 计数,但执行后却报错如下:

(base) [shiyang@calhost 20210326]$ conda activate rnaseq
(rnaseq) [shiyang@localhost 20210326]$ htseq-count -f bam -r name /home/shiyang/ztz/20210326/Ecoli_hisat2.bam /home/shiyang/ztz/20210326/GCF_000005845.2_ASM584v2_genomic.gff > counts.txt
Error processing GFF file (line 50 of file /home/shiyang/ztz/20210326/GCF_000005845.2_ASM584v2_genomic.gff):
  Feature exon-b4413-1 does not contain a 'gene_id' attribute
  [Exception type: ValueError, raised in features.py:331]


   E·coli_k12的gff文件我在ncbi和ensembl都有下载使用过,但都报了相同的错误。附件里有gff文件。
   后来在galaxy上跑,也报了相同的错,
[bam_sort_core] merging from 5 files and 1 in-memory blocks...
Error occured when processing GFF file (line 11 of file /galaxy-repl/main/files/054/010/dataset_54010348.dat):
  Feature transcript:AAC73112 does not contain a 'gene_id' attribute
  [Exception type: ValueError, raised in count.py:77]

Escherichia_coli_str_k_12_substr_mg1655_gca_000005845.ASM584v2.50.chromosome.Chr.rar

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 楼主| 发表于 2021-4-6 09:58:47 | 显示全部楼层
本帖最后由 syu 于 2021-4-9 17:35 编辑

纯新人,以前没有做过生信,导师要求跑rna-seq,刚上路就遇到问题,希望各位大佬帮忙
1617960843(1).jpg
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 楼主| 发表于 2021-4-6 10:54:16 | 显示全部楼层
本帖最后由 syu 于 2021-4-9 17:37 编辑

有高人能指点迷津吗?
1617961012(1).png
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