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[other] cirRNA find_circRNA 问题

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发表于 2021-11-30 20:41:57 | 显示全部楼层 |阅读模式
我在提取两端anchors后,想用find_cirC文件中的find_circ.py功能去找结果,但是不知道为什么结果一直为0.
/home/huoxulei/Desktop/bowtie2-2.4.4-linux-x86_64/bowtie2 -p 16 --reorder --mm --score-min=C,-15,0 -q -U /home/huoxulei/Desktop/cirRNA/anchors/C1.anchors.fastq.gz -x /home/huoxulei/Desktop/index/bowtie/chroms/hg38.fa | python /home/huoxulei/Desktop/cirRNA/circ_mas/find_circ.py -G /home/huoxulei/Desktop/index/bowtie/chroms/chromFa.fa -p prefix -s find_circ.sites.log > /home/huoxulei/Desktop/cirRNA/cirRNA_result/C1.find_circ.sites.bed 2 > /home/huoxulei/Desktop/cirRNA/cirRNA_result/C1.find_circ.sites.reads

这个是我的命令,chromFa.fa是Genome,我后来重新下了fasta文件也是这个结果。
后台这个命令的确在运行。就让人很费解。

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